Windows Server Update Services теперь являеться ролью 2008 r2 и его дистрибутив не нужно скачивать дополнительно. При установке он создаёт директорию в default web site, который ДОЛЖЕН работать на 80-ом порту, если не хотите получать ошибки от selfupdate. Поэтому я изменил порт SharePoint Services на 443-й а CertSrv и WSUS будут работать на 80-ом. CertSrv это часть следующей роли нашего сервера – Microsft Certificate Authority.